Après la défaite de l'Organisation XIII, l'équilibre entre l'ombre et la lumière semblait restauré. Tout était redevenu tel qu'il devait l'être dans les différents mondes. Le nombre de Sans Cœurs et de Simili baissa jusqu'à ce que ces créatures ne soient dans la tête de tous plus qu'un mauvais souvenir. Mais environs un an après le retour de Sora sur d'île de la Destinée, d'étrange créatures commencèrent à apparaitre un peu partout en commençant par un monde baigné de Lumière, jusque là épargné par les événements liés aux élus de la Keyblade: le Hameau du Midi.

Ces choses, appelées Luminare, attaquaient la lumière de chaque cœur, ne laissant plus que la part la plus sombre des êtres... faisant réapparaitre les Sans Cœur dans le processus. Attirés par ces cœur de ténèbres total, leur nombre va croissant, volant les cœurs restant et créant dans le processus des Similis...
Une nouvelle spirale de Chaos attend-il les mondes?
Le roi Mickey décida d'envoyer immédiatement une lettre au trio des porteurs de Keyblade. Mais trois enfants seront-ils suffisant pour sauver les mondes de cette nouvelle menace? Et que cache les sous terrains du hameau du Midi?

Pus on s'approche de la Lumière, plus l'ombre grandira.